Somatisches Tumor-Panel zur Therapieentscheidung

Infor­ma­tio­nen

Das Tumor-Panel – Soma­tisch ermög­licht die Detek­ti­on von soma­ti­schen Muta­tio­nen in Tumor­ge­we­be und umfasst 742 Gene, in denen Muta­tio­nen bekannt sind, die zur Tumor­ent­ste­hung bei­tra­gen kön­nen. Zusätz­lich zur Sequen­zie­rung der exo­ni­schen Berei­che von 742 Genen wer­den aus­ge­wähl­te Trans­lo­ka­tio­nen in 31 Genen unter­sucht. Für die Unter­su­chung wird sowohl Tumor­ge­we­be als auch Nor­mal­ge­we­be (Blut) des Pati­en­ten benö­tigt. Die Ana­ly­se auf soma­ti­sche Muta­tio­nen ermög­licht eine genaue­re Dia­gnos­tik von Tumor­er­kran­kun­gen und kann ggf. die Aus­wahl der geeig­ne­ten The­ra­pie­op­tio­nen unter­stüt­zen.

Metho­de

Anrei­che­rung und Sequen­zie­rung
Um einen mög­lichst hohen Tumor­ge­halt (min­des­tens 20 %) in der DNA aus der Tumor­pro­be sicher­zu­stel­len wird gege­be­nen­falls eine Makro­dis­sek­ti­on durch­ge­führt. Die Anrei­che­rung der kodie­ren­den Berei­che sowie der angren­zen­den Intron­be­rei­che (+/- 10 bp) erfolgt mit einer Hybri­di­za­ti­on-in-Solu­ti­on-Tech­no­lo­gie. Die Hoch­durch­satz-Sequen­zie­rung wird auf der Nova­Seq Platt­form, Illu­mi­na durch­ge­führt (pai­red-end, min­des­tens 2×100 bp, durch­schnitt­li­che Coverage 500 – 1.000).

Bio­in­for­ma­ti­sche Ana­ly­se
Das Map­ping der Reads erfolgt auf das Refe­renz­ge­nom (hg19). Durch­ge­führt wird eine Detek­ti­on von Vari­an­ten (SNPs, SNVs, klei­nen Dele­tio­nen und Inser­tio­nen). Die detek­tier­ten Vari­an­ten wer­den mit Infor­ma­tio­nen aus den Daten­ban­ken Ensembl, cos­mic, dbSNP und Exo­me Vari­ant Ser­ver anno­tiert. Der Ver­gleich der gefun­de­nen Vari­an­ten im Tumor und im Nor­mal­ge­we­be führt zur Iden­ti­fi­ka­ti­on der soma­ti­schen Muta­tio­nen.

Ergeb­nis­se

Es wird ein schrift­li­cher Befund erstellt. Die Befun­dung erfolgt durch unser erfah­re­nes Team von Wis­sen­schaft­lern und Fach­ärz­ten für Human­ge­ne­tik. Gefun­de­ne soma­ti­sche Vari­an­ten in den 742 Genen wer­den tabel­la­risch mit­ge­teilt. Die Lis­te umfasst patho­ge­ne Muta­tio­nen sowie unkla­re Vari­an­ten. Nicht aus­rei­chend abge­deck­te Berei­che wer­den auf­ge­lis­tet.

Pro­ben­ma­te­ri­al
  • DNA oder Blut des Pati­en­ten (3–5 ml EDTA-Blut oder 5 µg DNA)
  • Tumor­ge­we­be (FFPE oder tief­ge­fro­ren) oder Tumor-DNA (1 µg DNA)
  • Ein­sen­de­for­mu­lar inkl. schrift­li­che Ein­ver­ständ­nis­er­klä­rung
  • Kos­ten­über­nah­me­er­klä­rung (ist im Ein­sen­de­for­mu­lar ent­hal­ten)
Wei­te­re Infor­ma­tio­nen

Hin­wei­se

  • Die Hoch­durch­satz-Sequen­zie­rung stellt eine kos­ten­ef­fi­zi­en­te Scree­ning-Metho­de auf patho­ge­ne Muta­tio­nen in krank­heits­as­so­zi­ier­ten Genen dar. Der unwahr­schein­li­che Fall, dass Muta­tio­nen inner­halb der aus­schließ­lich mit­tels Hoch­durch­satz-Sequen­zie­rung unter­such­ten Berei­che nicht detek­tiert wur­den, kann nicht voll­stän­dig aus­ge­schlos­sen wer­den.
  • Unse­re Qua­li­täts­kri­te­ri­en erfor­dern eine Abde­ckung von min­des­tens 120 Sequen­zen pro Base.
  • Eine siche­re Unter­su­chung auf grö­ße­re Dele­tio­nen bzw. Dupli­ka­tio­nen ist mit der Metho­de der Hoch­durch­satz-Sequen­zie­rung nicht mög­lich.
  • Muta­tio­nen in nicht unter­such­ten Berei­chen unter­such­ten Gene (z.B. Introns, Pro­mo­ter, Enhan­cer) kön­nen nicht aus­ge­schlos­sen wer­den.
  • Es ist mög­lich, dass sich auf­grund neu­er wis­sen­schaft­li­cher Erkennt­nis­se die Ein­schät­zung der Patho­ge­ni­tät von Vari­an­ten zu einem spä­te­ren Zeit­punkt ver­än­dern könn­te.
  • Zusätz­lich besteht die Mög­lich­keit, bei Ver­dacht auf eine her­edi­tä­re Tumor­er­kran­kung die Pro­be auch auf patho­ge­ne Keim­bahn­mu­ta­tio­nen zu unter­su­chen. Gemäß Gen­dia­gnos­tik­ge­setz (GenDG) ist dafür eine gene­ti­sche Auf­klä­rung erfor­der­lich.

Einen Ter­min für eine gene­ti­sche Auf­klä­rung und Bera­tung kön­nen Sie gern bei uns unter 07071 565 44 00 ver­ein­ba­ren.

Ein­sen­de­for­mu­lar
Gen­lis­te inkl. Kilo­ba­sen

TUM01: Soma­ti­sches Tumor-Panel zur The­ra­pie­ent­schei­dung (742 Gene)

ABL1, ABL2, ABRAXAS1, ACD, ACVR1, ADGRA2, AIP, AIRE, AJUBA, AKT1, AKT2, AKT3, ALK, AMER1, ANKRD26, APC, APLNR, AR, ARAF, ARHGAP35, ARID1A, ARID1B, ARID2, ARID5B, ASXL1, ASXL2, ATG2B, ATM, ATP1A1, ATR, ATRX, AURKA, AURKB, AURKC, AXIN1, AXIN2, AXL, B2M, BAP1, BARD1, BCL10, BCL11A, BCL11B, BCL2, BCL3, BCL6, BCL9, BCOR, BCORL1, BCR, BIRC2, BIRC3, BIRC5, BLM, BMPR1A, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRD3, BRD4, BRIP1, BTK, BTNL2, BUB1B, CALR, CAMK2G, CANX, CARD11, CASP8, CBFB, CBL, CBLB, CBLC, CCDC6, CCND1, CCND2, CCND3, CCNE1, CD274, CD38, CD52, CD58, CD74, CD79A, CD79B, CD82, CDC73, CDH1, CDH11, CDH2, CDK12, CDK4, CDK6, CDK8, CDKN1A, CDKN1B, CDKN1C, CDKN2A, CDKN2B, CDKN2C, CEBPA, CEP57, CHD1, CHD2, CHD4, CHEK1, CHEK2, CIC, CIITA, CKS1B, CNOT3, COL1A1, COMMD1, CREB1, CREBBP, CRKL, CRTC1, CRTC2, CSF1R, CSF2, CSF3R, CSMD1, CSNK1A1, CTCF, CTLA4, CTNNA1, CTNNB1, CTSB, CTSL, CTSS, CUL4B, CUX1, CXCR4, CYLD, CYP2A7, DAXX, DCC, DDB2, DDR1, DDR2, DDX11, DDX3X, DDX41, DEK, DHFR, DICER1, DIS3, DIS3L2, DKC1, DNMT1, DNMT3A, DOT1L, DPYD, E2F3, EBP, EGFR, EGLN1, EGR2, EGR3, ELAC2, ELANE, ELF3, EML4, EMSY, EP300, EPAS1, EPCAM, EPHA2, EPHA3, EPHA4, EPHB4, EPHB6, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ERCC1, ERCC2, ERCC3, ERCC4, ERCC5, ERG, ERRFI1, ESR1, ESR2, ETNK1, ETS1, ETV1, ETV4, ETV5, ETV6, EWSR1, EXO1, EXT1, EXT2, EZH1, EZH2, FAN1, FANCA, FANCB, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FANCM, FAS, FAT1, FBXW7, FES, FGF10, FGF14, FGF19, FGF2, FGF23, FGF3, FGF4, FGF5, FGF6, FGFBP1, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FH, FKBP1A, FLCN, FLI1, FLT1, FLT3, FLT4, FOXA1, FOXA2, FOXE1, FOXL2, FOXO1, FOXO3, FOXP1, FOXQ1, FRK, FRS2, FUBP1, FUS, FYN, G6PD, GABRA6, GALNT12, GATA1, GATA2, GATA3, GATA4, GATA6, GLDN, GLI1, GLI2, GNA11, GNA13, GNAQ, GNAS, GPC3, GPER1, GREM1, GRIN2A, GRM3, GSK3A, H3F3A, HCK, HGF, HIF1A, HIST1H3B, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DPA1, HLA-DPB1, HLADQA1, HLA-DQB1, HLA-DRA, HLA-DRB1, HLF, HMGA2, HMGN1, HMOX2, HNF1A, HNF1B, HOXB13, HOXD8, HRAS, HSD3B1, HSP90AA1, HSP90AB1, HSPA4, ID3, IDH1, IDH2, IFI30, IFNGR1, IFNGR2, IGF1R, IGF2, IGF2R, IKBKB, IKBKE, IKZF1, IKZF3, IL1B, IL1RN, IL2, IL21R, IL6, IL6ST, IL7R, IL8, ING4, INPP4B, INPPL1, IRF1, IRS2, ITK, JAK1, JAK2, JAK3, JUN, KAT6A, KDM5A, KDM5C, KDM6A, KDR, KEAP1, KIAA1549, KIT, KLF2, KLF4, KLHDC8B, KLHL6, KMT2A, KMT2B, KMT2C, KMT2D, KRAS, LATS1, LATS2, LCK, LGMN, LIG4, LIMK2, LMO1, LRP1B, LRRK2, LTK, LYN, LZTR1, MAD2L2, MAFB, MAGEA1, MAGI1, MAGI2, MAML1, MAP2K1, MAP2K2, MAP2K3, MAP2K4, MAP2K5, MAP2K6, MAP2K7, MAP3K1, MAP3K14, MAP3K3, MAP3K4, MAP3K6, MAPK1, MAPK11, MAPK12, MAPK14, MAPK3, MAPK8IP1, MAX, MBD1, MC1R, MCL1, MDC1, MDM2, MDM4, MECOM, MED12, MEF2B, MEN1, MET, MGA, MGMT, MITF, MLH1, MLH3, MLLT10, MLLT3, MN1, MPL, MRE11, MS4A1, MSH2, MSH3, MSH4, MSH5, MSH6, MSR1, MST1R, MTHFR, MTOR, MTRR, MUC1, MUTYH, MXI1, MYB, MYC, MYCL, MYCN, MYD88, MYH11, MYH9, NBN, NCOA1, NCOA3, NCOR1, NF1, NF2, NFE2L2, NFKB1, NFKB2, NFKBIA, NFKBIE, NFYA, NFYB, NFYC, NIN, NLRC5, NOP10, NOTCH1, NOTCH2, NOTCH3, NOTCH4, NPM1, NQO1, NR1I3, NRAS, NRG2, NSD1, NSD2, NT5C2, NT5E, NTHL1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUMA1, NUP98, PAK1, PAK3, PALB2, PALLD, PARP1, PARP2, PARP4, PAX3, PAX5, PAX7, PBK, PBRM1, PBX1, PDCD1, PDCD1LG2, PDF, PDGFA, PDGFB, PDGFC, PDGFD, PDGFRA, PDGFRB, PDIA3, PDK1, PGR, PHF6, PHOX2B, PIAS4, PIGA, PIK3C2A, PIK3C2B, PIK3C2G, PIK3CA, PIK3CB, PIK3CD, PIK3CG, PIK3R1, PIK3R2, PIK3R3, PIM1, PKHD1, PLCG1, PLCG2, PML, PMS1, PMS2, POLD1, POLE, POLH, POLQ, POT1, PPM1D, PPP2R2A, PRDM1, PRDM16, PREX2, PRF1, PRKAR1A, PRKCA, PRKD1, PRKDC, PRKN, PROM2, PRSS1, PRX, PSIP1, PSMB1, PSMB10, PSMB2, PSMB5, PSMB8, PSMB9, PSMC3IP, PSME1, PSME2, PSME3, PSPH, PTCH1, PTCH2, PTEN, PTGS2, PTK2, PTK7, PTPN11, PTPN12, PTPRC, PTPRD, PTPRT, RAC1, RAC2, RAD21, RAD50, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD54B, RAD54L, RAF1, RALGDS, RARA, RARB, RARG, RASA1, RASAL1, RB1, RBM10, RECQL4, REL, RET, RFC2, RFX5, RFXANK, RFXAP, RHBDF2, RHEB, RHOA, RICTOR, RINT1, RIPK1, RIT1, RNASEL, RNF2, RNF43, ROS1, RPL22, RPS20, RPS6KB1, RPTOR, RSF1, RUNX1, RYR1, SACS, SAMHD1, SAV1, SBDS, SCG5, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SEC23B, SEM1, SEMA4A, SETBP1, SETD2, SETDB1, SF3B1, SGK1, SH2B1, SH2B3, SH2D1A, SHH, SIK2, SIN3A, SIRT1, SKP2, SLC26A3, SLIT2, SLX4, SMAD3, SMAD4, SMARCA4, SMARCB1, SMARCE1, SMC1A, SMC3, SMO, SOCS1, SOX11, SOX2, SOX9, SPEN, SPINK1, SPOP, SPRED1, SPTA1, SRC, SRD5A2, SRGAP1, SRP72, SRSF2, SSTR1, SSTR2, SSTR3, SSTR5, SSX1, STAG1, STAG2, STAT1, STAT3, STAT5A, STAT5B, STK11, SUFU, SUZ12, SYK, TAF1, TAF15, TAP1, TAP2, TAPBP, TBK1, TBL1XR1, TBX3, TCF3, TCF4, TCL1A, TEK, TENT5C, TERC, TERF2IP, TERT, TET1, TET2, TFE3, TGFB1, TGFBR2, TLR4, TLX1, TMEM127, TNF, TNFAIP3, TNFRSF11A, TNFRSF13B, TNFRSF14, TNFRSF1A, TNFRSF1B, TNFRSF25, TNFRSF8, TNFSF11, TNK2, TOP1, TOP2A, TP53, TP53BP1, TP63, TPX2, TRAF2, TRAF3, TRAF5, TRAF6, TRAF7, TRRAP, TSC1, TSC2, TSHR, TTK, TUBA4A, TUBB, TYMS, U2AF1, UBE2T, UBR5, UGT2B15, UGT2B7, UIMC1, UNG, USP34, USP9X, VEGFA, VEGFB, VHL, VKORC1, WAS, WASF3, WISP3, WRN, WT1, XIAP, XPA, XPC, XPO1, XRCC1, XRCC2, XRCC3, XRCC5, XRCC6, YAP1, YES1, ZFHX3, ZHX3, ZNF217, ZNRF3, ZRSR2

Detek­ti­on von aus­ge­wähl­ten Trans­lo­ka­tio­nen in den Genen
ALK, BCL2, BCR, BRAF, BRD4, EGFR, ERG, ETV4, ETV6, EWSR1, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FUS, MET, MYB, MYC, NOTCH2, NTRK1, PAX3, PDGFB, RAF1, RARA, RET, ROS1, SSX1, SUZ12, TAF15, TCF3, TFE3, TMPRSS2