Anreicherung und Sequenzierung
Um einen möglichst hohen Tumorgehalt in der DNA aus der Tumorprobe sicherzustellen, wird gegebenenfalls eine Makrodissektion durchgeführt. Die Anreicherung der kodierenden Bereiche sowie der angrenzenden Intronbereiche (+/-10 bp) erfolgt mit der Hybridization-in-solution-Technologie. Die Hochdurchsatz-Sequenzierung wird auf der HiSeq Plattform, Illumina durchgeführt (paired-end, mindestens 2×100 bp, durchschnittliche Coverage 100-300). Eine Validierung der gefundenen somatischen Mutationen auf einer komplementären Sequenzierplattform ist möglich, sofern nach der Exomsequenzierung noch genügend Tumor-DNA vorhanden ist. Die Kosten der Validierung sind abhängig von der Anzahl der zu validierenden Mutationen.
Bioinformatische Analyse
Das Mapping der Reads erfolgt auf das Referenzgenom (hg19). Durchgeführt wird eine Detektion von Varianten (SNPs, SNVs, kleinen Deletionen und Insertionen). Die detektierten Varianten werden mit Informationen aus den Datenbanken Ensembl, dbSNP, Exome Variant Server annotiert. Der Vergleich der gefundenen Varianten im Tumor und im Normalgewebe führt zur Identifikation der somatischen Mutationen.