Tumor Exom-Analyse

Anrei­che­rung und Sequen­zie­rung
Um einen mög­lichst hohen Tumor­ge­halt in der DNA aus der Tumor­pro­be sicher­zu­stel­len, wird gege­be­nen­falls eine Makro­dis­sek­ti­on durch­ge­führt. Die Anrei­che­rung der kodie­ren­den Berei­che sowie der angren­zen­den Intron­be­rei­che (+/-10 bp) erfolgt mit der Agi­l­ent in Solu­ti­on Tech­no­lo­gie (SureSelect allexon V6). Die Hoch­durch­satz-Sequen­zie­rung wird auf der HiSeq Platt­form, Illu­mi­na durch­ge­führt (pai­red-end, min­des­tens 2×100 bp, durch­schnitt­li­che Coverage 100–300). Eine Vali­die­rung der gefun­de­nen soma­ti­schen Muta­tio­nen auf einer kom­ple­men­tä­ren Sequen­zier­platt­form ist mög­lich, sofern nach der Exom­se­quen­zie­rung noch genü­gend Tumor-DNA vor­han­den ist. Die Kos­ten der Vali­die­rung sind abhän­gig von der Anzahl der zu vali­die­ren­den Muta­tio­nen.

Bio­in­for­ma­ti­sche Ana­ly­se
Das Map­ping der Reads erfolgt auf das Refe­renz­ge­nom (hg19). Durch­ge­führt wird eine Detek­ti­on von Vari­an­ten (SNPs, SNVs, klei­nen Dele­tio­nen und Inser­tio­nen). Die detek­tier­ten Vari­an­ten wer­den mit Infor­ma­tio­nen aus den Daten­ban­ken Ensembl, dbSNP, Exo­me Vari­ant Ser­ver anno­tiert. Der Ver­gleich der gefun­de­nen Vari­an­ten im Tumor und im Nor­mal­ge­we­be führt zur Iden­ti­fi­ka­ti­on der soma­ti­schen Muta­tio­nen.

Die Aus­wer­tung erfolgt durch unser erfah­re­nes Team von Wis­sen­schaft­lern und Fach­ärz­ten für Human­ge­ne­tik. Gefun­de­ne soma­ti­sche Vari­an­ten wer­den tabel­la­risch mit­ge­teilt. Die Lis­te umfasst patho­ge­ne Muta­tio­nen sowie unkla­re Vari­an­ten. Nicht aus­rei­chend abge­deck­te Berei­che wer­den auf­ge­lis­tet. Auf Wunsch kann eine Prio­ri­sie­rung der Vari­an­ten für eine evtl. gewünsch­te Vali­die­rung erfol­gen. Eine zusätz­li­che Befun­dung der gefun­de­nen Muta­tio­nen in den Panel-Genen (Tumor-Panel (Keim­bahn) und Tumor-Panel (Soma­tisch) ist auf Wunsch mög­lich. Bit­te geben Sie dies ggf. bei der Anfra­ge mit an, damit die zusätz­li­che Aus­wer­tung in das Ange­bot auf­ge­nom­men wird.

• DNA oder Blut des Pati­en­ten (1–2 ml EDTA-Blut oder 5 μg DNA)
• Tumor­ge­we­be (FFPE oder tief­ge­fro­ren) oder Tumor-DNA (1 μg DNA)
• Ein­sen­de­for­mu­lar inkl. schrift­li­che Ein­ver­ständ­nis­er­klä­rung
• Kos­ten­über­nah­me­er­klä­rung (Bit­te Über­wei­sungs­schein Mus­ter 10 bei­fü­gen, eine Aus­nah­me­kenn­zif­fer ist nicht nötig, das Labor­bud­get wird durch die human­ge­ne­ti­sche Dia­gnos­tik nicht belas­tet. Bei Pri­vat­pa­ti­en­ten erstel­len wir jeder­zeit gern einen Kos­ten­vor­anschlag.)

• Die Hoch­durch­satz-Sequen­zie­rung stellt eine kos­ten­ef­fi­zi­en­te Scree­ning-Metho­de auf patho­ge­ne Muta­tio­nen in krank­heits­as­so­zi­ier­ten Genen dar. Der unwahr­schein­li­che Fall, dass Muta­tio­nen inner­halb der aus­schließ­lich mit­tels Hoch­durch­satz-Sequen­zie­rung unter­such­ten Berei­che nicht detek­tiert wur­den, kann nicht voll­stän­dig aus­ge­schlos­sen wer­den.
• Unse­re Qua­li­täts­kri­te­ri­en erfor­dern eine Abde­ckung von min­des­tens 10 Sequen­zen pro Base. Unzu­rei­chend abge­deck­te Berei­che wer­den im Befund auf­ge­lis­tet.
• Eine siche­re Unter­su­chung auf grö­ße­re Dele­tio­nen bzw. Dupli­ka­tio­nen ist mit der Metho­de der Hoch­durch­satz-Sequen­zie­rung nicht mög­lich.
• Muta­tio­nen in nicht unter­such­ten Berei­chen unter­such­ten Gene (z.B. Introns, Pro­mo­ter, Enhan­cer) kön­nen nicht aus­ge­schlos­sen wer­den.
• Es ist mög­lich, dass sich auf­grund neu­er wis­sen­schaft­li­cher Erkennt­nis­se die Ein­schät­zung der Patho­ge­ni­tät von Vari­an­ten zu einem spä­te­ren Zeit­punkt ver­än­dern könn­te.
• Gemäß Gen­dia­gnos­tik­ge­setz (GenDG) ist eine gene­ti­sche Auf­klä­rung erfor­der­lich. Befun­de von DNA-Ana­ly­sen sol­len im Rah­men einer gene­ti­schen Bera­tung mit­ge­teilt wer­den. Einen Ter­min für eine gene­ti­sche Auf­klä­rung und Bera­tung kön­nen Sie gern bei uns unter +49 7071 565 44 00 ver­ein­ba­ren.