Anreicherung und Sequenzierung
Um einen möglichst hohen Tumorgehalt in der DNA aus der Tumorprobe sicherzustellen, wird gegebenenfalls eine Makrodissektion durchgeführt. Die Anreicherung der kodierenden Bereiche sowie der angrenzenden Intronbereiche (+/-10 bp) erfolgt mit der Agilent in Solution Technologie (SureSelect allexon V6). Die Hochdurchsatz-Sequenzierung wird auf der HiSeq Plattform, Illumina durchgeführt (paired-end, mindestens 2×100 bp, durchschnittliche Coverage 100-300). Eine Validierung der gefundenen somatischen Mutationen auf einer komplementären Sequenzierplattform ist möglich, sofern nach der Exomsequenzierung noch genügend Tumor-DNA vorhanden ist. Die Kosten der Validierung sind abhängig von der Anzahl der zu validierenden Mutationen.

Bioinformatische Analyse
Das Mapping der Reads erfolgt auf das Referenzgenom (hg19). Durchgeführt wird eine Detektion von Varianten (SNPs, SNVs, kleinen Deletionen und Insertionen). Die detektierten Varianten werden mit Informationen aus den Datenbanken Ensembl, dbSNP, Exome Variant Server annotiert. Der Vergleich der gefundenen Varianten im Tumor und im Normalgewebe führt zur Identifikation der somatischen Mutationen.

Die Auswertung erfolgt durch unser erfahrenes Team von Wissenschaftlern und Fachärzten für Humangenetik. Gefundene somatische Varianten werden tabellarisch mitgeteilt. Die Liste umfasst pathogene Mutationen sowie unklare Varianten. Nicht ausreichend abgedeckte Bereiche werden aufgelistet. Auf Wunsch kann eine Priorisierung der Varianten für eine evtl. gewünschte Validierung erfolgen. Eine zusätzliche Befundung der gefundenen Mutationen in den Panel-Genen (Tumor-Panel (Keimbahn) und Tumor-Panel (Somatisch) ist auf Wunsch möglich. Bitte geben Sie dies ggf. bei der Anfrage mit an, damit die zusätzliche Auswertung in das Angebot aufgenommen wird.

• DNA oder Blut des Patienten (1-2 ml EDTA-Blut oder 5 μg DNA)
• Tumorgewebe (FFPE oder tiefgefroren) oder Tumor-DNA (1 μg DNA)
• Einsendeformular inkl. schriftliche Einverständniserklärung
• Kostenübernahmeerklärung (Bitte Überweisungsschein Muster 10 beifügen, eine Ausnahmekennziffer ist nicht nötig, das Laborbudget wird durch die humangenetische Diagnostik nicht belastet. Bei Privatpatienten erstellen wir jederzeit gern einen Kostenvoranschlag.)

• Die Hochdurchsatz-Sequenzierung stellt eine kosteneffiziente Screening-Methode auf pathogene Mutationen in krankheitsassoziierten Genen dar. Der unwahrscheinliche Fall, dass Mutationen innerhalb der ausschließlich mittels Hochdurchsatz-Sequenzierung untersuchten Bereiche nicht detektiert wurden, kann nicht vollständig ausgeschlossen werden.
• Unsere Qualitätskriterien erfordern eine Abdeckung von mindestens 10 Sequenzen pro Base. Unzureichend abgedeckte Bereiche werden im Befund aufgelistet.
• Eine sichere Untersuchung auf größere Deletionen bzw. Duplikationen ist mit der Methode der Hochdurchsatz-Sequenzierung nicht möglich.
• Mutationen in nicht untersuchten Bereichen untersuchten Gene (z.B. Introns, Promoter, Enhancer) können nicht ausgeschlossen werden.
• Es ist möglich, dass sich aufgrund neuer wissenschaftlicher Erkenntnisse die Einschätzung der Pathogenität von Varianten zu einem späteren Zeitpunkt verändern könnte.
• Gemäß Gendiagnostikgesetz (GenDG) ist eine genetische Aufklärung erforderlich. Befunde von DNA-Analysen sollen im Rahmen einer genetischen Beratung mitgeteilt werden. Einen Termin für eine genetische Aufklärung und Beratung können Sie gern bei uns unter +49 7071 565 44 00 vereinbaren.