Array-CGH

Die Micro­ar­ray-Ana­ly­se­/Ar­ray-CGH stellt eine leis­tungs­fä­hi­ge metho­di­sche Wei­ter­ent­wick­lung der klas­si­schen Zyto­ge­ne­tik dar und dient wie die­se dem Nach­weis von Ver­lust oder Zuge­winn geno­mi­scher Berei­che. Liegt die Auf­lö­sungs­gren­ze der kon­ven­tio­nel­len Zyto­ge­ne­tik bei ca. 5Mb, so kön­nen mit­tels Micro­ar­rays/Ar­ray-CGH geno­mi­sche Imba­lan­cen mit einer Auf­lö­sung von <100kb nach­ge­wie­sen wer­den. Durch die Ver­wen­dung von spe­zi­el­len Array-Designs kann sogar eine Auf­lö­sung von <200bp für aus­ge­wähl­te Ziel­re­gio­nen erreicht wer­den.

Metho­de

Bei der Array-CGH (Array-based Com­pa­ra­ti­ve Geno­mic Hybri­di­za­ti­on) wird Pati­en­ten-DNA und eine Refe­renz-DNA mit unter­schied­li­chen Fluo­res­zenz-Farb­stof­fen mar­kiert und auf einem Trä­ger­chip mit immo­bi­li­sier­ten DNA-Frag­men­ten (“Pro­bes” oder Son­den) cohy­bri­di­siert. Die­se Son­den decken das mensch­li­che Genom mög­lichst gleich­mä­ßig ab. Nume­ri­sche Ver­än­de­run­gen füh­ren zu einer Farb­ver­schie­bung des Fluo­res­zenz­si­gnals für die ein­zel­nen Son­den. Die­se Signa­le wer­den mit­tels eines Laser­scan­ners erfasst und mit einer ent­spre­chen­den Soft­ware der jewei­li­gen Gen­re­gi­on zuge­ord­net und dar­ge­stellt (“mole­ku­la­res Karyo­ty­p­ing”).

Bei uns kön­nen alle erhält­li­chen Array­for­ma­te der Fir­ma Agi­l­ent pro­zes­siert, ana­ly­siert und befun­det wer­den. In der Rou­ti­ne ver­wen­den wir den Agi­l­ent 180K Array mit einer dia­gnos­ti­schen Auf­lö­sung von <100kb.

Nach Rück­spra­che besteht außer­dem die Mög­lich­keit indi­vi­du­el­le hoch­auf­lö­sen­de­re Arrays zu ana­ly­sie­ren.

Indi­ka­ti­on und Kos­ten­über­nah­me

Die Durch­füh­rung einer Array-CGH-Unter­su­chung ist indi­ziert wenn es sich um eine sel­te­ne Erkran­kung mit einer Prä­va­lenz von unter 5 in 10.000 han­delt. Bit­te Über­wei­sungs­schein Mus­ter 10 bei­fü­gen, eine Aus­nah­me­kenn­zif­fer ist nicht nötig, das Labor­bud­get wird durch die human­ge­ne­ti­sche Dia­gnos­tik nicht belas­tet.

Dar­über hin­aus kann eine Array-CGH-Unter­su­chung bei fol­gen­den Fra­ge­stel­lun­gen sinn­voll sein:

  • Genaue­re Cha­rak­te­ri­sie­rung bei zyto­ge­ne­tisch nach­ge­wie­se­nen Aberra­tio­nen
  • Über­prü­fung von bal­an­ziert erschei­nen­den Aberra­tio­nen bei kli­nisch auf­fäl­li­gen Pati­en­ten
  • Cha­rak­te­ri­sie­rung von geno­mi­schen Rear­ran­ge­ments
  • Als ergän­zen­de Unter­su­chung zu mole­ku­lar­ge­ne­ti­schen Ver­fah­ren (z.B. wei­ter­füh­ren­de Cha­rak­te­ri­sie­rung von MLPA-Befun­den; Vali­die­rung von NGS-Ergeb­nis­sen)
Mate­ri­al und Dau­er
  • 3–5 ml EDTA-Blut oder 5 µg geno­mi­sche DNA
  • Ein­sen­de­for­mu­lar inkl. schrift­li­che Ein­ver­ständ­nis­er­klä­rung nach GenDG

Dau­er der Unter­su­chung: 2–4 Wochen